Карабахский хан Панахали в первой половине XVIII века велел построить себе жилой комплекс — имарет из белого камня. Этот имарет долгое время служил своеобразным ориентиром для жителей близлежащих сел. Агдам -«светлый, освещенный солнечными лучами, белый дом»
Агдам был основан в XVIII веке, в 1828 году получил статус города. Население в 1989 г. — 28 тыс. человек, в настоящее время необитаем. Находится в 26 км от Степанакерта, в 365 км от Баку. До Карабахской войны 1991—1994 гг. в городе действовали маслосырзавод, винный (Производственное Объединение по переработке винограда — Агдамский коньячный завод), консервный и машиностроительный заводы, завод металлических изделий, железнодорожная станция.
В ходе карабахской войны Агдам стал ареной ожесточённых боёв. В период с 1992 по 1993 годы азербайджанская артиллерия с территории Агдама периодически обстреливала Степанакерт. В начале июня 1993 года армянские вооружённые силы, с целью подавления огневых точек противника, начали наступление на Агдам.
Первый штурм начался 12 июня, но был отбит. По армянским источникам, первый штурм Агдама был отвлекающим и осуществлен силами мартунийского оборонительного отряда. Тогда погиб армянский подполковник Монте Мелконян.
15 июня был предпринят второй штурм Агдама. После неудачи армянские формирования переключили все свои силы на захват Мардакерта, после взятия, которого они вновь приступили к штурму Агдама.
3 июля начался третий штурм, а 14 июля — четвертый. В штурме было задействовано 6 тысяч солдат, эскадрилья Ми-24, около 60 танков. Оборону Агдама держала 708-я бригада НАА численностью 6000 человек. Несмотря на упорную оборону, гарнизон города был поставлен в сложное положение из-за затяжного внутриполитического кризиса, развернувшегося в Баку. Личный состав был измотан многодневными боями и испытывал отсутствие подкреплений, нехватку боеприпасов. За время боев защитники потеряли около половины личного состава. К 5 июлю город был практически окружён карабахскими армянами, которые подвергли его интенсивному обстрелу из артиллерии и установок «Град». В результате в ночь с 23 на 24 июля после 42 суток непрерывных боевых действий подразделения агдамской бригады были вынуждены оставить город и отойти в северном и восточном направлениях сел Гейтепе и Занкишалы-Афатли. Город пал.
Бывший азербайджанский город Агдам весь Советский Союз знал благодаря известной марке портвейна, которую производили здесь. Теперь же это в полном смысле слова «бывший город». Разрушено всё за исключением большой мечети в центре города. Сейчас здесь не только не производят портвейн, здесь просто никого нет. Изредка по пустынным улицам, среди завалов из остатков стройматериалов и арматуры продвигается грузовик. Единственная хозяйственная деятельность, которую ведут в городе жители окрестных районов Нагорного Карабаха, - разбор остатков зданий на стройматериалы, которые еще могут пригодиться для строительства.
Согласно юрисдикции непризнанной Нагорно-Карабахской Республики, контролирующей населённый пункт с 23 июля 1993 года, расположен в Аскеранском районе НКР, согласно юрисдикции Азербайджана является административным центром Агдамского района Азербайджана, часть которого согласно резолюции СБ ООН считается оккупированной армянскими силами