Подземный тоннель, соединяющий Кордон и Узел связи Сфера в Малой зоне, также ведёт в секретную Лабораторию Х-3.
Главный герой проникает в Лабораторию сам или в компании с лидером бандитов Тёмным. Они разыскивают легендарного сталкера Стрелка, и Тёмный уверяет что обладает информацией о его возможном убежище. Оказавшись внутри, сталкеры встречаются со Стрелком, но события разворачиваются не по намеченному плану: Темный погибает или выясняет тайну своей личности, а главный герой рискует, чтобы передать Стрелку сообщение от профессора Кайманова.
Стрелок в 2014 году покинул НИИЧАЗ и ушёл в неизвестном направлении. Считалось, что он погиб или ушёл из Зоны навсегда, но в лаборатории выясняется, что это ошибочные предположения.
Лаборатория обеспечена электричеством. Во время своего долгого пребывания здесь, Стрелок наладил оборудование и организовал спартанское, но вполне надежное и защищенное от внешнего мира убежище. Центральный зал достаточно освещается сохранившимися лампами дневного света по периметру потолка, в остальных помещениях тусклый аварийный свет. Там же Скиф опробует на себе те самые мерцающие экраны.
Стрелок также покажет ГГ экодомен (место из истинной концовки ТЧ), потому что уверен, что видел «нечто подобное», когда потерял сознание после уничтожения ученых О-Сознания. Внимание привлекает невозможная в Зоне буйная зелёная растительность на изолированной замкнутой территории, ограниченной горными породами. Экодомен удивителен тем, что круглый год в нём поддерживается постоянная температура, влажность и давление, благоприятные для зелёной растительности.
В целом, если идти по сюжетной линии Стрелка, то необходимо будет убить Доктора (который оказался Каймановым, создателем Выжигателя Мозгов), и покажут сцену на крыше (в трейлере Стрелку меняли внешность на того лохматого сталкера, в релизе будет каноничная внешность), а концовка за Стрелка означает, что он ляжет в капсулу под Генераторами.